学院现有生物工程、生物技术、食品科学与工程、生物制药四个本科专业，其中生物工程、生物技术为国家一流建设专业，食品科学与工程为省级一流建设专业，生物制药为特设交叉专业；生物技术专业内设“生态修复”基础学科拔尖班，生物技术（中俄）专业与俄罗斯新西伯利亚大学“2+1+1”模式联合培养，食品科学与工程（中高计划）专业与澳大利亚昆士兰大学“2+2”模式联合培养，生物技术（黑龙江大学生物技术-东北林业大学林学（联合学士学位培养项目））；具有“生态学”一级学科博士学位点、生态学博士后科研流动站、农业微生物技术教育部工程研究中心博士后科研工作站，“生物学”、“生态学”两个一级学科硕士学位点、“生物与医药”专业硕士学位点；具有“生态学”省级专业技术领军人才梯队和“生物学”省级重点学科、“微生物学”校级重点学科，“生物学”、“生态学”两个学科被列为黑龙江大学双一流建设学科，“生态学”学科入选黑龙江省新一轮优势特色培育学科；拥有农业微生物技术教育部工程研究中心，并先后成立了山东、广西、河北实验基地；寒区植物基因工程与生物发酵和寒地生态修复与资源利用两个黑龙江省重点实验室，分子生物学和微生物两个黑龙江省高校重点实验室；黑龙江省高校生物工程研发中心；黑龙江省寒地食药用植物与微生物资源可持续利用协同创新中心；黑龙江大学安泰生物省级研究生培养创新基地。目前学院已经形成能够授予博士、硕士及学士学位，打造本-博、本-硕-博全链条贯通培养的办学格局。
